Четвертый принцип расчета денежных потоков проекта говорит о том, что необходимо учитывать альтернативные издержки по проекту (opportunity costs). Необходимо совместно оценивать средства, которые могут быть получены при реализации проекта, со средствами, которые компания потеряла, отказавшись от реализации наилучшей из имеющихся альтернатив.
Очевидно, что ресурсы компании ограничены, и нужно проанализировать разные варианты и выбрать проект, где приложение этих ресурсов будет наиболее выгодным. В финансовой модели анализа предусматривается многовариантность развития. Соответственно, принимается во внимание упущенная выгода, которая рассматривается как неявный компонент расходов, отсутствующий в бухгалтерском учете.
Особенно важен этот подход при анализе взаимоисключающих проектов. В данном случае нужно понять, какой проект является самым лучшим из имеющихся альтернатив. Например, компания проводит проект по обновлению оборудования на каком-то перспективном производстве. Требуется закупить новое оборудование. Согласно критерию учета альтернативных издержек необходимо рассмотреть разные конфигурации оборудования и выбрать наилучшее решение с точки зрения притоков и оттоков денежных средств, а также критериев эффективности относительно данной инвестиции.